个人简介：

李向涛，博士生导师，吉林大学人工智能学院教授，国家级青年人才，吉林省优青，吉林省创新拔尖人才，连续五年（2020-2024年）入选斯坦福大学全球前 2%顶尖科学家榜单，主持国家自然科学面上基金和青年基金，吉林省青年和面上基金项目十余项。

团队致力于开发人工智能算法挖掘生物数据中蕴含的生命规律，解决从基因组学到蛋白质组学等多个层面上的生物学问题，推动生物学与计算智能的深度融合。这些研究为进一步整合基因组、转录组和蛋白质组等多组学信息，深入理解疾病的发病机理奠定了重要基础。近年来以第一作者或通讯作者在 Nature Communications (2 篇)，Advanced Science（6篇），Nucleic Acids Research (1篇), Bioinformatics，PLoS Computational Biology，Briefings in Bioinformatics，Communications Biology，AAAI 等学术期刊和顶级会议上发表相关论文约 110 篇。担任 NeurIPS 2024（Area Chair），及 BMC Biology（中科院一区）、BMC Bioinformatics 等期刊编委。

教育及工作经历

2020.03 - 至今         吉林大学人工智能学院 教授

2017.03 - 2019.04   香港城市大学 高级研究助理

2015.11 - 2016.11   英国萨里大学 访问学者

2015.07 - 2020.03   东北师范大学信息科学与技术学院 副教授

2012.09 - 2015.06   东北师范大学信息科学与技术学院 博士

2009.09 - 2012.06   东北师范大学信息科学与技术学院 硕士

2005.09 - 2009.06   东北师范大学信息科学与技术学院 学士

成果奖励/学术荣誉

2024   2023年中国智能计算创新人物

2023   国家级青年人才

2023   吉林省优青

2022   吉林省拔尖创新人才第三层次

2020 - 2024   斯坦福大学全球前 2%顶尖科学家

2018   吉林省自然科学二等奖（第一完成人）

2013   吉林省自然科学学术成果二等奖（第二完成人）

2013   吉林省科学技术奖二等奖

学术兼职

2023 -  《BMC Biology》编委

2022 -  《BMC Bioinformatics》编委

2022 -  《BMC Genomics》编委

研究方向

计算生物学，单细胞组学数据分析与理解，蛋白质语言模型解析

发表论文

在Nat. Commun.、Adv. Sci.、Nucleic Acids Research等国际著名期刊发表SCI检索论文110余篇，论文引用4000余次，H-index=35。其中，一篇论文入选ESI高被引论文（被引频次前1%），单篇引用最高次数300次，9篇论文引用次数超过100次，出版英文专著《Natural Computing for Unsupervised Learning》，代表性论文如下。

1. Z. Yu, Y. Su, Y. Lu, F. Wang, S. Zhang, Y. Chang, K. Wong*, X. Li*. Topological identification and interpretation for single-cell gene regulation elucidation across multiple platforms using scMGCA[J]. Nature Communications, 2023, 14(1): 400.

2. H. Zhu, Y. Yang, Y. Wang, F. Wang, Y. Huang, Y. Chang, K. Wong*, X. Li*. Dynamic characterization and interpretation for protein-RNA interactions across diverse cellular conditions using HDRNet[J]. Nature Communications, 2023, 14(1): 6824.

3. Y. Su, Z. Yu, Y. Yang, K. Wong, Li X*. Distribution-agnostic Deep Learning Enables Accurate Single Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation[J]. Advanced Science, 2024, 2307280.

4. Y. Fan, Y. Wang, F. Wang, L. Huang, Y. Yang, K. Wong, X. Li*. Reliable Identification and Interpretation of Single‐Cell Molecular Heterogeneity and Transcriptional Regulation using Dynamic Ensemble Pruning[J]. Advanced Science, 2023, 10(22): 2205442.

5. Y. Yang, G. Li, K. Pan, W. Cao, Z. Zhang*, X. Li*, Deciphering 3’ UTR Mediated Gene Regulation Using Interpretable Deep Representation Learning, Advanced Science, 2024.

6. Z. Yu, Y. Yang, X. Chen, K. Wong, Z. Zhang, Y. Zhao*, X. Li*, Accurate Spatial Heterogeneity Dissection and Gene Regulation Interpretation for Spatial Transcriptomics using Dual Graph Contrastive Learning, Advanced Science, 2024.

7. Z. Zheng, J. Chen, X. Chen, L. Huang, W. Xie, Q. Lin, X. Li*, K. Wong*. A Lightweight Framework for Chromatin Loop Detection at the Single-Cell Level[J]. Advanced Science, 2023, 10(33): 2303502.

8. F. Wang, H. Alinejad-Rokny, J. Lin, T. Gao, X. Chen, L. Meng, X. Li*, K. Wong*. Enabling Single-Cell Drug Response Annotations from Bulk RNA-Seq Using SCAD[J]. Advanced Science, 2023: 2204113.

9. N. Chen, J. Yu, Z. Liu, L. Meng, X. Li*, K. Wong*, Discovering DNA shape motifs with multiple DNA shape features: generalization, methods, and validation, Nucleic Acids Research, 2024, gkae210

专利

1. 一种多目标启发式的单细胞深度聚类方法，李向涛，范毅，马文静，中国专利 No. CN118136116A, 2024

2. 一种基于帕累托集成剪枝的单细胞数据注释方法及系统，李向涛,祁琪,殷跃,范毅

承担项目

2025.1 - 2028.12 面向单细胞ATAC测序数据的深度学习模型与可解释性研究，国家自然科学基金委面上项目，60万元人民币

2023.1 - 2025.12 面向空间单细胞转录组数据的深度学习模型研究，吉林省优秀青年科技人才项目，25万元人民币

2021.1 - 2024.12 高维稀疏数据下进化深度聚类方法研究，国家自然科学基金委面上项目，59万元人民币

2017.1 - 2019.12 基于代理模型和层次进化算法的多目标双层规划问题研究，国家自然科学基金委员会青年项目，21万元人民币

2016.1 - 2018.12 基于代理模型和层次进化算法的双层规划问题研究, 吉林省自然科学基金面上项目,10万元人民币